Шелох-?: шелохнуть. Связано ли с корнем в слове шевелить?
Шерст-/шёрст-: шерсть, шерстяной, шёрстка. Связано ли с шероховатый?
Шерох-/шорох/шерш-//шурш-?: шершавый; шорох; шершень, также, наверное, в этом гнезде - шуршать [?].
Звукоподражательные.
Шип-: шип, шиповник, шипастый.
Шип-: шипеть, шипение. Звукоподражание?
Шиш-: шиш, шишка, шишак.
Шлем-: Шлем. Старославянский вариант др.-рус. слова шелом).
Шлеп-/шлёп-: Шлёпать, шлепок. Звукоподражательное (как и хлопать).
Шлях-: шлях (магистральная дорога). Отсюда - польское шляхта?
Шмал-?: шмалить - от смолить?
Шмат-?: шмат, шмо?т(ок) (сала).
Шмел-: насекомое шмель.
Шмыг-?: шмыгать. Звукоподражательный, непроизводительный корень (как и в хмыкать).
Шрам-?: шрам.
Шуб-: шуба. Нет глаголов - заимствование?
Шуй-: шуя (уст. "левая рука").
Шум-: шум, шумный, шуметь.
Шуст(р)-: шустрый, шустрить.
Шут-/шуч-: шут, шутка, шутить, шучу.
В этот список не вошли корни слов с пока неясной этимологией (многие - иностранные):
шавка, шалаш, шаль; швырять; шантропа, шелуплнь, шелудивый, шняга, шпана; штаны, шток, штопать, штык, штырь; шугать, шукать.
Разобраться
Слова или корни под вопросом (делятся ли на морфемы, можно ли выделить новые суффиксы,
слова исконные или заимствованные и др.).